MIPA adalah jurusan untuk siswa-siswi di madrasah yang berfokus pada ilmu-ilmu eksakta seperti Matematika, Fisika, Kimia, dan Biologi (Ilmu Pengetahuan Alam). Jurusan ini bertujuan untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi serta menghasilkan lulusan yang profesional di bidang sains dan matematika.